En 1963, JFK a envoyé plusieurs lettres fermes à David Ben Gourion (et ensuite à Levi Eshkol) exigeant des inspections régulières (bi-annuelles) de Dimona par des scientifiques américains, avec un accès complet. Il a clairement averti que le «soutien et l’engagement» des États-Unis envers Israël pourraient être «sérieusement compromis» si Washington ne pouvait pas obtenir des informations fiables sur les intentions nucléaires d’Israël. Le ton était proche d’un ultimatum. Ben Gourion a démissionné le 16 juin 1963 (pour des « raisons personnelles» selon lui), juste avant que la dernière lettre ne lui soit remise. Certains historiens (comme Avner Cohen dans Israel and the Bomb) notent que la pression sur Dimona a contribué à la crise, même si Ben Gourion n’a jamais publiquement lié sa démission à cela.
JFK exigeait également que l’organisation pro-israélienne, le «Conseil sioniste américain», s’enregistre comme agent étranger après avoir fait l’objet d’une enquête du ministère de la Justice. En 1962, le ministère de la Justice (sous Robert Kennedy) a ordonné à l’AZC de s’enregistrer en vertu du Foreign Agents Registration Act (FARA), car il recevait des fonds de l’Agence juive israélienne.
JFK a été assassiné en novembre 1963 et Lindon B Johnson, qui était plus proche que JFK des milieux sionistes (sa tante était l’une des fondatrices de l’Organisation sioniste d’Amérique, membre du Conseil sioniste américain, qui devint par la suite l’AIPAC) est arrivé au pouvoir. Cette exigence fut discrètement abandonnée et les pressions en faveur d’un accès sans restriction au programme nucléaire israélien cessèrent.
Un an après l’assassinat de JFK, on découvrit que des centaines de kilos d’uranium hautement enrichi de qualité militaire avaient disparu de l’usine NUMEC, dirigée par un sioniste juif américain, le Dr Zalman Shapiro. Ce dernier, cadre national de l’Organisation sioniste d’Amérique, entretenait des liens étroits avec le gouvernement israélien et reçut à NUMEC des responsables du renseignement israélien, dont Rafi Eitan, qui dirigea plus tard l’opération d’espionnage israélienne Jonathan Pollard contre les États-Unis. Le Dr Shapiro était même un proche collaborateur d’Ernest David Bergman, futur concepteur de la bombe atomique israélienne. Le financement de NUMEC fut organisé par un volontaire de la Haganah, David , confident du Premier ministre israélien Ben Gourion. Un témoin oculaire (employé de NUMEC) a déclaré plus tard avoir vu de l’uranium chargé sur des camions destinés à Israël (via Zim Lines), avec Shapiro nerveux sur place. Des documents ont été détruits ou perdus pendant une grève.
En 1968, le directeur de la CIA Richard Helms a demandé au FBI d’enquêter sur un possible transport vers Israël. La CIA (via le chef de station à Tel Aviv, John Hadden) a prélevé des échantillons de flore près de Dimona et y a trouvé des traces d’HEU à 97,7 % d’enrichissement — une signature unique du combustible naval américain produit à Portsmouth (Ohio) et traité précisément par NUMEC (Israël n’avait pas de capacité d’enrichissement à l’époque). En 1976, Carl Duckett (adjoint à la CIA) a briefé la NRC en affirmant que, au sein de la CIA, il était « unanimement admis » que du matériel de NUMEC avait été détourné pour les premières bombes israéliennes. Ces éléments proviennent de documents déclassifiés du National Security Archive, de la CIA, du FBI, du GAO et de livres comme Divert! de Grant F. Smith ou les travaux d’Avner Cohen et Roger Mattson. Le soupçon de diversion est sérieux et partagé par plusieurs hauts responsables de la CIA à l’époque, même s’il n’y a jamais eu de preuve judiciaire définitive (enquêtes FBI/AEC ont conclu à des « pertes inexpliquées » sans poursuites).
A lire le déroulé des événements, beaucoup de questions se posent et beaucoup d’hypothèses mériteraient d’être explorées…